Το Μουσείο της Πέλλας βρίσκεται στις νοτιοανατολικές υπώρειες του λόφου του ανακτόρου, στο βορειοανατολικό τμήμα του επισκέψιμου αρχαιολογικού χώρου, σε άμεση γειτνίαση με το σύγχρονο οικισμό ανατολικά. Αποτελεί τη φυσική κατάληξη του επισκέπτη του αρχαιολογικού χώρου, όπου αυτός έχει τη δυνατότητα να ανασυνθέσει τα αρχαιολογικά στοιχεία που του παρείχαν τα μνημεία κατά την περιήγησή του και να κατανοήσει τις ποικίλες πτυχές της καθημερινής, αλλά και της δημόσιας ζωής της μακεδονικής πρωτεύουσας.

Ο επισκέψιμος αρχαιολογικός χώρος της Πέλλας, βόρεια του του δημόσιου δρόμου Θεσσαλονίκης-Γιαννιτσών, περιλαμβάνει τμήμα του οικιστικού τομέα της πόλης, και ειδικότερα, τις οικίες του Διονύσου, της Ελένης, των κονιαμάτων, του Ποσειδώνος, καθώς και μέρος της αγοράς.Αποτελεί μόνο ένα τμήμα της αρχαίας πόλης, η οποία συνολικά καλύπτει έκταση περίπου 4.000 στρεμμάτων.